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Seminar Algorithmen der Bioinformatik Typ: Seminar Veranstalter: Dr. S. Schuierer Zeit und Ort: Di 16-18, SR 00-034 Vorbesprechung: Di 16. Okt. 2001, 16:00 Uhr s.t., SR 00-034 Kreditpunkte: 3 (oder IIG-Schein) Das rapide Anwachsen der über das Erbgut (Genome) von Organismen verfügbaren Informationen hat in den letzten Jahren zu einem stark vermehrten Einsatz von Rechnern in der Biologie geführt. Durch die speziellen Anforderungen der Biologen an die Aufbereitung der experimentell gewonnenen Daten sind eine Vielzahl neuer und interessanter Probleme aufgetaucht, deren Kern häufig kombinatorischer oder algorithmischer Natur ist und die sich deshalb nur durch Anwendung von Methoden aus der Informatik oder Mathematik effizient lösen lassen. In dem Seminar sollen in Vorträgen verschiedene Probleme aus der Bioinformatik mit Verfahren zu deren Lösung vorgestellt werden. Dabei wird im wesentlich auf das Buch Computational Molecular Biology von P. Pevzner, teilweise aber auch auf Originalarbeiten zurückgegriffen. Als Themen sind vorgesehen Erstellung von Genom-Karten, Sequenzierung von DNS-Sequenzen (Sequencing by Hybridization), Alignierung von mehreren DNS-Sequenzen, Berechnung von Abstammungsbäumen, effiziente Textsuchverfahren in Gen-Datenbanken, und weitere Probleme, die bei der Analyse von Genomen entstehen. Das Seminar Bioinformatik ist für Informatik-Studenten im Hauptstudium gedacht; es können aber auch Studenten im Grundstudium oder Studenten mit Hauptfach Mathematik oder Biologie teilnehmen. Voraussetzung ist die Beherrschung der grundlegenden Fragen aus dem Bereich der Datenstrukturen und Algorithmen und aus der theoretischen Informatik wie sie in den Vorlesungen Informatik I-III gelehrt werden. Weiterhin ist eine erfolgreiche Teilnahme an der Vorlesung Algorithmentheorie oder einer vergleichbaren Vorlesung vorteilhaft, jedoch keine Voraussetzung. Biologische Vorkenntnisse sind nicht erforderlich. Eine Anmeldung zu dem Seminar ist auch in den Semesterferien bei Dr. S. Schuierer möglich.

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