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 Organisation
und Ablauf
Vorlesung
und Übungen
Vorträge
Voraussetzungen aus der Algorithmentheorie
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Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik
| Typ: |
Spezialvorlesung |
| Veranstalter: |
PD.
Dr. S. Schuierer |
| Zeit und Ort: |
Mi., 16-18 Uhr, MMR 00-031, Geb. 051 |
| Übungen: |
Mi., 14-16 Uhr, 00-034, Geb. 051 |
| Beginn: |
Mittwoch, 25.4.2001, 16 Uhr, MMR 00-031,
Geb. 051 |
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Inhalt:
Das rapide Anwachsen der über das Erbgut (Genome) von Organismen
verfügbaren Informationen hat in den letzten Jahren zu einem stark
vermehrten Einsatz von Rechnern in der Biologie geführt. Durch die
speziellen Anforderungen der Biologen an die Aufbereitung der
experimentell gewonnenen Daten sind eine Vielzahl neuer und
interessanter Probleme aufgetaucht, deren Kern kombinatorischer oder
algorithmischer Natur ist und die sich deshalb nur durch Anwendung von
Methoden aus der Informatik oder Mathematik effizient lösen lassen.
In der Vorlesung sollen verschiedene Probleme aus der
Bioinformatik mit Verfahren zu deren Lösung vorgestellt werden.
Als Themen sind vorgesehen
- Berechnung der Ähnlichkeit zweier DNS-Sequenzen,
- Erstellung von Genom-Karten,
- Sequenzierung von DNS-Sequenzen,
- Alignierung von mehreren DNS-Sequenzen,
- Berechnung von Abstammungsbäumen,
- effiziente Textsuchverfahren in Gen-Datenbanken,
- Berechnung sich wiederholender Teile des Genoms (Tandem arrays),
und weitere Probleme, die bei der Analyse von Genomen und Proteien
entstehen.
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Zielgruppe:
Die Vorlesung Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik
richtet sich an Informatik-Studenten im Hauptstudium; es können aber
auch Studenten mit Hauptfach Mathematik
oder Biologie teilnehmen. Voraussetzung ist die Beherrschung der
grundlegenden Fragen aus dem Bereich der Datenstrukturen und
Algorithmen und aus der theoretischen Informatik wie sie in den
Vorlesungen Informatik I-III sowie der Vorlesung Algorithmentheorie
gelehrt werden. Inbesondere wird das Verständnis der
gängigen Textsuchverfahren (KMP, Boyer-Moore, Konstruktion und
Verwendung von Suffixbäumen, Berechnung der Editierdistanz)
vorausgesetzt.
Biologische Vorkenntnisse sind nicht erforderlich.
Die Vorlesung ist mit 2+2 Stunden anrechenbar. Es besteht die
Möglichkeit, bei Bedarf einen Übungsschein zu erwerben.
Die Vorlesung wird nicht im traditionellen Stil abgehalten.
Statt dessen wird ein neues Konzept angewandt, bei dem statt
reiner Präsentation von Inhalten mehr Wert auf die Erarbeitung
des Stoffs und die Unterstützung der Eigenarbeit gelegt
wird. Nähere Informationen hierzu sind unter
Organisation
und Ablauf zu finden.
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Inhalt der Webseiten zur Vorlesung
Die Links auf der linken Seite dieser Webpage führen zu Kollektionen mit folgendem Inhalt:
- Organisation und Ablauf. Beinhaltet diverse Informationen
über den Ablauf der Vorlesung und der Übungen, eine Liste der Ansprechpartner
sowie die Raumverteilung.
- Vorlesung und Übungen.
Enthält Informationen zu den Unterlagen, die in der Vorlesung
verwendet werden (Buch, CD-ROM etc.) sowie diverse Materialien
(Folien, Übungsblätter etc.) inklusive der Vorträge,
die lokal im Linuxpool abgespielt und
betrachtet werden können. Ferner findet man hier einen Terminplan
und eine Übersicht über die Themen der Vorlesung.
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Materialien:
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D. Gusfield:
Algorithms on strings, trees and sequences, Cambridge
University Press, 1999.
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J. Setubal and J. Meidanis:
Introduction to computational molecular biology, Boston, PWS
Publ., 1997.
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M. S. Waterman:
Introduction to computational biology: maps, sequences and
genomes,
Boca Raton, CRC Press, 2000.
Ansprechpartner: S. Schuierer
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