Algorithmische Grundlagen
der Bioinformatik SS2000
PD. Dr. Sven Schuierer
Nähere Informationen zum "Authoring on the Fly" (AOF)
System finden Sie auf der AOF-Homepage.
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Zum Inhalt der Vorlesung:
Das rapide Anwachsen der über das Erbgut (Genome) von Organismen
verfügbaren Informationen hat in den letzten Jahren zu einem
stark vermehrten Einsatz von Rechnern in der Biologie geführt.
Durch die speziellen Anforderungen der Biologen an die Aufbereitung
der experimentell gewonnenen Daten sind eine Vielzahl neuer
und interessanter Probleme aufgetaucht, deren Kern kombinatorischer
oder algorithmischer Natur ist und die sich deshalb nur durch
Anwendung von Methoden aus der Informatik oder Mathematik effizient
lösen lassen.
In der Vorlesung sollen verschiedene Probleme aus der Bioinformatik
mit Verfahren zu deren Lösung vorgestellt werden. Als Themen
sind vorgesehen
- Berechnung der Ähnlichkeit zweier DNS-Sequenzen,
- Erstellung von Genom-Karten,
- Sequenzierung von DNS-Sequenzen,
- Alignierung von mehreren DNS-Sequenzen,
- Berechnung von Abstammungsbäumen,
- effiziente Textsuchverfahren in Gen-Datenbanken,
- Berechnung sich wiederholender Teile des Genoms (Tandem
arrays),
und weitere Probleme, die bei der Analyse von Genomen und Proteien
entstehen.
Die AOF-Vorträge:
|
| Titel |
Dauer in Minuten |
Größe der zip-Datei in MB |
| Molekularbiologische
Grundlagen |
52:57 |
28,5 |
| Suffix-Bäume
- Teil 1.1 |
49:22 |
26,5 |
| Suffix-Bäume
- Teil 1.2 |
22:38 |
10,5 |
| Niedrigster
gemeinsamer Vorfahre - Teil 1.1 |
33:31 |
13,6 |
| Niedrigster
gemeinsamer Vorfahre - Teil 1.2 |
08:40 |
3,1 |
| Niedrigster
gemeinsamer Vorfahre - Teil 2 |
59:51 |
19,9 |
| Suffix-Bäume
- Teil 2.1 |
52:36 |
21,1 |
| Suffix-Bäume
- Teil 2.2 |
08:12 |
3,2 |
| Alignment
von Zeichenketten - Teil 1.1 |
49:26 |
17,9 |
| Alignment
von Zeichenketten - Teil 1.2 |
37:03 |
13,8 |
| Alignment
von Zeichenketten - Teil 2.1 |
20:07 |
7,9 |
| Alignment
von Zeichenketten - Teil 2.2 |
51:38 |
17,8 |
| Alignment
von Zeichenketten - Teil 2.3 |
25:35 |
7,9 |
| Multiples
Alignment von Zeichenketten - Teil 1 |
31:15 |
9,1 |
| Multiples
Alignment von Zeichenketten -Teil 2 |
60:07 |
20,5 |
| Datenbank-Suchverfahren |
69:51 |
23,9 |
| Mapping |
57:16 |
22,6 |
|
|